Der Flughafen Cochstedt stammt ursprünglich aus dem Jahr 1957, als auf dem Areal von den sowjetischen Besatzungstruppen ein Stützpunkt ihrer Luftstreitkräfte eingerichtet wurde. Im Jahre 1968 wurde die Start- und Landebahn verlängert und der Flughafen für Logistikbetrieb ausgebaut. Nach der deutschen Wiedervereinigung und dem Abzug der sowjetischen Truppen leitete die Gesellschaft für Wirtschaftsförderung Aschersleben/Staßfurt erste Schritte für den Fortbestand der Anlage als zivil genutzter Flughafen ein.

Am 26. Mai 1994 wurde dem Flughafen eine Betriebsgenehmigung als Verkehrsflughafen mit Flugsicherheits-Kontrollzone Luftraum "D" und genehmigter Betriebszeit von 24 Stunden (uneingeschränkten Tag- und Nachtbetrieb) erteilt. Von November 1997 bis März 1999 ruhte der Flugbetrieb während des Neubaus der Flugbetriebsflächen und des Kontrollturms.

Im Juni 2000 wurde die Genehmigung nach erfolgter Installation des Instrumentenlandesystems ("ILS") Kategorie I und einer Hochleistungs-Anflugbefeuerung auf den Betrieb nach Instrumentenflugregeln ausgeweitet ("IFR"). Im Sommer 2001 wurde eine neue Feuerwache in Betrieb genommen und mit dem Bau eines neuen Abfertigungsgebäudes für die Allgemeine Luftfahrt ("GAT") begonnen. Ab dem 31. Dezember 2001 wurde wegen Insolvenz des Flughafenbetreibers der Flughafenbetrieb vorübergehend eingestellt.

Im Auftrag des Landes konnte die Grundstücksfond Sachsen-Anhalt GmbH (GSA) alle Vermögensgegenstände aus der Konkursmasse erwerben und wurde mit der Vermarktung des Airports betraut. Gemeinsam mit dem damaligen Landkreis Aschersleben-Staßfurt wurde 2005 die FMC Flughafen Magdeburg-Cochstedt mbH als neue Betreibergesellschaft gegründet. Am 4.März 2010 erwarb die dänische Airport Development A/S den Flughafen Magdeburg-Cochstedt und erhielt am 21.Juni die Betriebserlaubnis. Ende des Jahres 2010 wurden die ersten vier Flugziele für den Passagierverkehr ab dem Sommerflugplan (30.März 2011) gemeinsam mit Partner Ryanair im neugebauten Terminal2 verkündet.